Modul administrácie systému zabezpečuje nastavenie základných vlastností správania sa programu, slúži na správu používateľov, spracovávaných firiem, aktualizáciu verzií programu a obsahuje servisné funkcie, potrebné v prípade poškodenia údajov.
Programové vybavenie ELALL používa jednotný prístup do všetkých aplikácií. Do programového vybavenia je povinnosťou sa prihlasovať. Je preto potrebné vytvoriť zoznam používateľov systému, pri každom z nich sa definuje prístup do jednotlivých aplikácií. Vzhľadom na to, že programové vybavenia je multifiremné, teda umožňuje v rámci jednej inštalácie spracovávať agendu viacerých firiem, je potrebné používateľom umožniť aj vstup do vybraných firiem. Pri prvej inštalácii programu je vytvorený jeden používateľ s prístupom administrátora systému a jedna spracovávaná firma. Ďalšie definície je potrebné urobiť v oknách podľa nasledujúceho popisu, ktorý je uvedený v nasledujúcich kapitolách: